DOC

doc

تعداد صفحات : 81

پایان نامه کارشناسی ارشد

رشته کشاورزی - گرایش زراعت و اصلاح نباتات

همراه با جداول و اشکال

75000 تومان

بررسی تنوع ژنتیکی لوچ ماهی (Nalbant and Bianco, 1998)Paraschistura nielseni در رودخانه شاپور (استان فارس) و رودخانه‌های دالکی و مند (استان بوشهر) با استفاده از نشانگرهای میکروستلایت : پایان نامه ارشد مهندسی کشاورزی شیلات

کشور عزیزمان ایران با توجه به تنوع اقلیم ، آب و هوای مطبوع و اراضی وسیعی که در اختیار دارد در صورت مدیریت در عرصه کشاورزی میتواند یکی از قطب های بلامنازع کشاورزی دنیا باشد و با پرورش دانش آموختگان خبره در گرایش های مختلف رشته کشاورزی میتوان به این مهم نایل آمد.دیجی لود در ادامه به معرفی پایان نامه های کارشناسی ارشد رشته کشاورزی میپردازد. پایان نامه حاضر با عنوان” بررسی تنوع ژنتیکی لوچ ماهی (Nalbant and Bianco, 1998)Paraschistura nielseni در رودخانه شاپور (استان فارس) و رودخانه‌های دالکی و مند (استان بوشهر) با استفاده از نشانگرهای میکروستلایت ” با گرایش کشاورزی شیلات و با فرمت Word (قابل ویرایش) تقدیم شما دانشجویان عزیز میگردد.

چکیده بررسی تنوع ژنتیکی لوچ ماهی (Nalbant and Bianco, 1998)Paraschistura nielseni در رودخانه شاپور (استان فارس) و رودخانه‌های دالکی و مند (استان بوشهر) با استفاده از نشانگرهای میکروستلایت:

در تحقیق حاضر تنوع ژنتیکی لوچ ماهی (Nalbant and Bianco, 1998) Paraschistura nielseni در رودخانه‌های شاپور (استان فارس)، دالکی و مند(استان بوشهر) با استفاده از پنج جفت نشانگر ریزماهواره (IC230، IC228، IC654،Bbar4 وBbar7) برررسی گردید. جهت انجام این تحقیق، تعداد 90 قطعه ماهی(30 عدد از هر رودخانه) نمونه‌برداری وبا استفاده از پنج جایگاه ژنی در مجموع تعداد 124 الل برای هر سه رودخانه به دست آمد. کمترین در جایگاه Bbar4 (5 الل) در دو رودخانه شاپور و مند و بیشترین در جایگاه IC654 (12 الل) در رودخانه شاپور مشاهده گردید. متوسط الل مشاهده شده (N_a) در رودخانههای شاپور، دالکی و مند به ترتیب 4/8، 4/8 و 8 به دست آمد. نتایج حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی نشان داد که متوسط هتروزیگوسیتی در رودخانههای شاپور، دالکی و مند به ترتیب 461/0، 452/0 و 365/0 به دست آمد. متوسط هتروزیگوسیتی H_o و H_e برای تمامی مناطق مورد مطالعه به ترتیب 426/0 و 817/0 بدست آمد. بیشترین و کمترین میزان H_o به ترتیب برای جایگاه های IC654 (739/0) رودخانه دالکی و IC228 (174/0) رودخانه مند مشاهده شد. در بررسی انحراف از تعادل هاردی-واینبرگ در جمعیت رودخانه شاپور در سه جایگاه IC230، IC654 و Bbar7، در جمعیت رودخانه دالکی جایگاه IC230 و در جمعیت رودخانه مند جایگاه IC654 تعادل برقرار بوده و در سایر جایگاهها انحراف معنی‌داری برقرار بود. نتایج حاصل از آنالیز واریانس مولکولی براساس شاخص Fst تنوع ژنتیکی درون جمعیتی بالا (98%) و میزان تمایز بین جمعیتی پایینی (2%) را نشان داد. طبق دندروگرام UPGMA ترسیم شده بر اساس فاصله ژنتیکی، جمعیتهای رودخانه‌های شاپور و مند از هم جدا نشده اما احتمالا جمعیت رودخانه دالکی از جمعیتهای دو رودخانه دیگر جدا شده است.

كليات

ماهیان آب شیرین در مطالعه جغرافیای جانوری ارزش بی‌نظیری داشته، زیرا با وجود موانع جغرافیایی ماهیان آب شیرین قادر نبوده از آب دریا گذر کرده و حرکت آنها از یک حوضه آبخیز به حوضه دیگر به آهستگی صورت میگیرد (راطبی، 1379؛ عبدلی، 1378). مطالعات جمعیتی و بررسی تفاوتهای بین جمعیتی یک گونه از ماهیان آب شیرین میتواند نتایج جالب توجهی را به همراه داشته باشد، زیرا معمولا رودخانههایی که ارتباط آبی با یکدیگر نداشته به دلیل کاهش تبادل ژنی و عدم تولید مثل بین ماهیان این رودخانهها میتوانند جمعیتهای متفاوت از یک گونه را در خود جای دهد. همچنین این مطالعات امکان درک بهتر و بیشتر از وضعیت جمعیتها و یا به نوعی ذخایر جمعیتی در شرایط کنونی اکوسیستمهای آبی و تقابل بین گونه و اکوسیستم را فراهم نماید (پاتیمار، 1383؛ قاموسی، 1379).

در فرایند توسعه و پیشرفت اقتصادی هر کشوری توجه به منابع آبی و آبزیان آنها و افزایش ذخایر در آبهای داخلی از جایگاه مهمی برخوردار است (پاتیمار، 1383). ماهیها متنوعترین گروه مهره‌دارن را تشکیل میدهند. آنها در بیشتر آبهای جهان گسترده شدهاند و این گسترش به خاطر تنوع شگفتآوری است که از نظر سازگاریهای ریخت شناسی، فیزیولوژیک و رفتاری از خود نشان دادهاند (ستاری، 1381). کشور ایران در منطقهای به لحاظ آب و هوایی و توپوگرافی واقع گردیده که از نظر جغرافیای جانوری بسیار حائز اهمیت است. ماهیهای آب شیرین ایران دارای تنوع نسبتا خوبی هستند. در آبهای داخلی ایران حدود 140 گونه وجود دارد که متعلق به سه خانواده کپورماهیان^[1]، سگ ماهیان جویباری^[2] و رفتگرماهیان^[3] هستند (عبدلی، 1378). بررسی ماهیان در بومسازگانهای آبی به دلایل متعدد از جمله بررسی تکاملی، بوم شناختی،رفتار شناسی، حفاظت، مدیریت منابع آبی و بهره برداری از ذخایر و پرورش ماهی حائز اهمیت است.

ضرورت تحقیق

لوچ ماهی یکی از گونههای بومی غرب ایران و شرق عراق میباشد. زیستگاههای رودخانهای مناطق غربی ایران از نظر فاکتورهای زیست محیطی نظیر دمای آب، شوری، شیب رودخانه، نوع بستر، شدت جریان و حجم آب، ارتفاع از سطح دریا تفاوتهای قابل توجهی با یکدیگر داشته، که این تفاوتها باعث میشود به تدریج گونههایی حذف شوند و گونههای دیگری جایگزین آنها شود (قلعه نویی و همکاران، 1389). با توجه به اهمیت اکولوژیکی و حفاظتی این گونه به عنوان یک گونه بومی،گستردگی مناطق پراکنش آن،افزایش آلودگی روز افزون آبهای داخلی و عدم وجود مطالعات ژنتیکی در جهت بررسی جمعیتهای مختلف آن در زیستگاههای مختلف، مطالعه حاضر با هدف بررسی میزان جدایی جمعیتهای این گونه، آگاهی از تنوع ژنتیکی درون جمعیتی و بین جمعیتی با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره صورت گرفت.

اهداف تحقیق

تعیین میزان تنوع ژنتیکی گونه Paraschistur anielseni دربرخی رودخانههای دو استان بوشهر وفارس.
مقایسه تنوع ژنتیکی درون جمعیتی و بین جمعیتی گونه Paraschistur anielseni در رودخانههای مورد بررسی با یکدیگر.

فرضیه تحقیق

در مناطق مورد بررسی جمعیتهای مستقلی از لوچ ماهی وجود دارد.
در مناطق مورد بررسی تنوع درون جمعیتی و بین جمعیتی لوچ ماهی وجود دارد.

نتيجه‌گيري كلي

بیولوژی رفتار تولید مثلی و تغذیه نیز بر ساختار ژنتیکی ماهیان تاثیر گذار میباشد (اباس و همکاران، 2010). ماهیان بالغ در زمان تولید مثل مهاجرت چندان زیادی نداشته و در حوالی محل زندگی خود اقدام به تخم ریزی مینمایند. بچه ماهیان در بین سنگها و علف‌های حاشیه رودخانه زندگی میکنند. ماهی پس از تخم ریزی هیچگونه مراقبت والدینی از تخمها نمیکند. این گونه در مسیر جریان آب در بین و زیر سنگها تخم ریزی مینماید. سرعت جریان بالای آب و رسوبات به تخم آبزیان خسارت جدی وارد می‌نماید (وی و همکاران، 1997). هتروزیگوسیتی پایین با توجه به کاهش اندازه جمعیت و افزایش ضریب همخونی ویژگی چنین جمعیتهایی میباشد (اباس و همکاران، 2010). رودخانههای مورد بررسی از نظر میزان جریان آبی، حوضه آبی، ارتفاع از سطح دریا، شرایط بستر رودخانه و شرایط فیزیکی و شیمیایی خاک حوضه رودخانه کاملا متفاوت میباشد. بر اساس آنالیزهای موجود به نظر میرسد، Paraschisturanielseniدر مناطق مورد بررسی دارای تنوع ژنتیکی مطلوبی نبوده و با توجه به اهمیت اکولوژیک این گونه در پالایش رودخانهها حفظ تنوع ژنتیکی آن در مناطق مورد بررسی لازم و ضروری به نظر میرسد. همچنین با توجه به اینکه این گونه فاقد نشانگر ریزماهواره اختصاصی بوده، در طی این مطالعه پنج جفت نشانگرریزماهواره دارای پلی‌مورفیسم برای این گونه شناسایی شد.

فهرست مطالب

فصلاول– مقدمه

1- مقدمه. 2

1-1-کلیات 2

1-2-معرفی و رده بندی جنس…. 3

1-3- ژنتیک جمعیت… 3

1-4-جمعیت 4

1-5-تعادل هاردی-واینبرگ 4

1-6-برآورد تنوع ژنتیکی 6

1-7-عوامل موثر برتنوع ژنتیکی 7

1-8-روش‌های حفظ تنوع ژنتیکی 8

1-9- ضرورت تحقیق 9

1-10- اهداف تحقیق 9

1-11- فرضیههای تحقیق 9

فصل دوم-بررسی منابع

2-1-بررسی منابع 12

2-1-1-سابقه تحقیق در ایران 12

2-1-2-منابع خارجی 15

فصل سوم– مواد و روشها

3-1- نمونه‌گیری. 20

3-2- استخراج DNA.. 21

3-3- تعیین کیفیت و کمیت DNA.. 22

3-3-1- الکتروفورز افقی (ژل آگارز) 22

3-3-2- روش اسپکتروفتومتری.. 23

3-4- واکنش زنجیرهای پلیمراز(PCR) 24

3-4-1- بهینه سازی شرایط واکنش زنجیره‌ای پلیمراز. 24

3-4-2- انجام PCR.. 24

3-4-3- چرخههای حرارتی PCR.. 25

3-5- الکتروفورز محصول PCR.. 25

3-5-1- تهیه ژل اکریل آمید. 26

3-5-2- رنگ آمیزی ژل پلی اکریل آمید. 26

3-6- آنالیز آماری.. 28

فصل چهارم- نتایج

4-1- بررسی کیفیت و کمیت DNA استخراج شده 30

4-2- تکثیر با استفاده از آغازگرهای مورد استفاده 30

4-3- تعداد الل‌های واقعی(N_a) و موثر(N_e) 31

4-4- هتروزایگوسیتی مشاهده شده (H_o) و مورد انتظار(H_e) 32

4-5- تعادل هاردی- واینبرگ… 32

4-6- آنالیز واریانس مولکولی.. 34

4-7- شباهت و فاصله ژنتیکی.. 35

فصل پنجم- بحث

5-1- بحث 38

5-2- نتیجه‌گیری کلی 43

5-3- پیشنهادات پژوهشی 44

5-4- پیشنهادات اجرایی 44

فهرست منابع 46

ضمائم 54

بافر TAE (Tris, Acetic Acid, EDTA 54

بافر سنگین کننده (Loading Buffer) 54

آمونیوم پرسولفات (A.P.S) (Amonium per sulfate) 54

TEMED 54

تهیه آکریل آمید 30 درصد 54

تهیه ژل آگارز 1 55

تهیه TBEX 10(Tris, Boric Acid,EDTA) 55

تهیه بافر STE (Sodium Cloride , Tris. EDTA) 55

تهیه بافر SDS (Sodium, 2 decyle, sulfat) 55

فنل اشباع شده 56

فهرست جدول‌ها

جدول3-1- شرایط بهینه برای اجرای واکنشهای PCR در حجم 5/12 میکرولیتر 24

جدول3-2- چرخه حرارتی واکنش زنجیرهای پلیمراز 25

جدول3-3- مقادیر مورد نیاز از مواد مورد استفاده جهت آماده سازی 2 عدد ژل اکریل آمید….. 26

جدول3-4- محلولهای مورد نیاز برای رنگ آمیزی ژل عمودی پلی اکریلآمید 26

جدول4-1- خصوصیات جایگاه ژنی مورد استفاده در این تحقیق 31

جدول 4-2- تعداد اللهاي واقعي (N_a) و موثر (N_e) 31

جدول4-3- مقادير هتروزايگوسيتي مشاهده شده (H_o) و مورد انتظار (H_e 32

جدول4-4- مقادير هتروزايگوسيتي مشاهده شده و مورد انتظار در سطح 5 جايگاه ژني در كل نمونه‌ها 33

جدول 4-5- تعادل هاردي-واينبرگ در مناطق مختلف در 5 جایگاه 33

جدول 4-6- ميزان F_st محاسبه شده بر اساس فراواني براي مناطق نمونه برداري 34

جدول 4-7- ميزان ضرايب تمايز و درون آميزي و جريان ژني در لكوس‌هاي مختلف 34

جدول 4-8- ميزان N_m محاسبه شده بر اساس فراواني براي مناطق نمونه‌برداري 34

جدول 4-9- آناليز واريانس مولكولي (AMOVA)، df (درجه آزادي)، SS (مجموع مربعات)، Ms (انحرافات ميانگين مربع)، Prob (معني‌دار بودن انحراف بعد از 99 جايگزيني تصادفي 35

جدول 4-10- ماتريس فاصله ژنتيكي 36

جدول 4-11- ماتريس شباهت ژنتيكي 36