بررسی تنوع ژنتیکی شگ ماهی خزری در سواحل جنوبی دریای خزر

کشور عزیزمان ایران با توجه به تنوع اقلیم ، آب و هوای مطبوع و اراضی وسیعی که در اختیار دارد در صورت مدیریت در عرصه کشاورزی میتواند یکی از قطب های بلامنازع کشاورزی دنیا باشد و با پرورش دانش آموختگان خبره در گرایش های مختلف رشته کشاورزی میتوان به این مهم نایل آمد.دیجی لود در ادامه به معرفی پایان نامه های کارشناسی ارشد رشته کشاورزی میپردازد. پایان نامه حاضر با عنوان”  بررسی تنوع ژنتیکی شگ ماهی خزری (Alosa braschnikowi broodine,1904) در سواحل جنوبی دریای خزر با استفاده از نشانگر ریزماهواره ” با گرایش  کشاورزی شیلات و با فرمت Word (قابل ویرایش) تقدیم شما دانشجویان عزیز میگردد.

چکیده بررسی تنوع ژنتیکی شگ ماهی خزری :

شگ ­ماهی براشنیکووی (Alosa braschnikowi) یکی از گونه­ های بومی ماهیان استخوانی حاضر در دریای خزر می­باشد که از فراوانی و پراکنش نسبتا بالایی برخوردار است و در سطوح پایین هرم اکولوژیک قرار­دارد. علی­رغم اهمیت اکولوژیکی بالای شگ­ماهیان، هیچ­گونه اطلاعاتی از ژنتیک جمعیت اعضای جنس Alosa در دریای خزر وجود ندارد. لذا تحقیق حاضر با هدف بررسی تنوع ژنتیکی شگ­ماهی خزری (A. braschnikowi) با استفادهاز شش جفت نشانگر ریزماهواره (AsaD030، AsaD042، AsaC051، AsaC059، AsaD312 و AsaD392) در سواحل جنوبی دریای خزر صورت­ پذیرفت. جهت انجام این تحقیق تعداد 140 عدد ماهی از گونه مورد نظر در پنج منطقه انزلی، گمیشان، محمودآباد، میان­کاله و ساری با استفاده از صید پره نمونه برداری شد (هر منطقه 28 عدد) و استخراج DNA با­استفاده از بافت باله دمی صورت گرفت. تمامی جایگاه­های ژنی مورد استفاده در این مطالعه به خوبی حالت پلی مورفیسمی نشان دادند.

نتایج حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی این ماهی نشان داد که میزان متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده 568/0 بود که مقدار متوسط آن در مناطق انزلی، گمیشان، محمودآباد، میان­کاله و ساری به ترتیب 524/0، 518/0، 637/0، 500/0 و 661/0 به­دست آمد. شاخص غنای آللی برای مناطق مورد بررسی 63/12 به­دست آمد. بررسی تعادل هاردی واینبرگ در جمعیت­ها میزان انحراف بالایی را از تعادل در سطح جایگاه­ها نشان داد و از بین 30 حالت ممکن (شش جایگاه × پنج جمعیت)، 29 حالت از تعادل خارج بودند و انحراف معنی ­داری نشان دادند. (05/0P<). میانگین جریان ژنی و ضریب درون آمیزی محاسبه شده بین مناطق به ترتیب 31/9 و 349/0 بود.

نتایج حاصل از آنالیز واریانس مولکولی براساس شاخص Fst تنوع ژنتیکی درون مناطق را بالا (96%) و میزان تمایز بین مناطق را نسبتا پایین (4%) نشان داد ولی شاخص Rst توانست تنوع ژنتیکی بالاتری را بین مناطق (40 درصد) نمایش دهد. نتایج به­دست­آمده در این مطالعه نشان­دهنده غنای آللی نسبتاً مناسب این گونه بوده ولی احتمال در تنگنا قرار­گرفتن در آینده به‌خاطر ویژگی گله­ای بودن آن وجود دارد. به­نظر می­رسد احیای زیستگاه­ها و جلوگیری از صید ناخواسته بی­رویه این گونه می­تواند در بالا نگه­داشتن اندازه جمعیت مؤثر آن مفید واقع شود.

كليات

دریای خزر باقیمانده دریای تتیس، به عنوان بزرگترین دریاچه جهان تعداد زیادی از گونه ­های آبزی را در خود جای داده است و حفظ این گونه­ها به پایداری این اکوسیستم کمک شایانی می­نماید. تنوع ژنتیکی به عنوان یکی از سه سطح تنوع زیستی، به­عنوان پایه­ای و کلیدی­ترین بخش در سلسله مراتب تنوع نقش ایفا می­کند. یکی از خانواده­های مهم ماهیان در دریای خزر، خانوده شگ ماهیان (Clupeidae) است که به فراوانی در سرتاسر دریای خزر پراکنش یافته است (پاتیمار و همکاران، 2013). این خانواده در دریای خزر شامل دو جنس بوده که از جنس­های معروف آن می­توان به جنس Alosa با بیشتر از چهار گونه در آب­های دریای خزر اشاره کرد (عبدلی و نادری، 2008). شگ­ماهی براشنیکووی (Alosa braschnikowi Borodin, 1904) از جمله ماهیان استخوانی حاضر در این دریاست که از تراکم و پراکنش نسبتاً مناسبی برخوردار است و بومی این دریا محسوب می­شود و معمولاً در صیدهای پره به عنوان صید ضمنی مشاهده می­گردد ولی در خارج از فصل صید پره با استفاده از تورهای گوشگیر نیز صید می­شود. شگ­ماهیان بطور عمده پلانکتون‌خوار بوده و نقش مهمی را در هرم اکولوژیک اکوسیستم دریای خزر به عنوان بزرگترین دریاچه جهان بازی می­کند (عبدلی و نادری، 2008).

اهداف

با توجه به موارد ذکر شده تحقیق حاضر با هدف پاسخ به سؤالات زیر صورت پذیرفت:

1- آیا نشانگرهای ریزماهواره مورد استفاده در این پژوهش از توانایی و کاربرد لازم جهت شناسایی آلل­ها و نشان دادن میزان تنوع ژنتیکی شگ­ماهی براشنیکووی برخوردارند؟

2- تنوع ژنتیکی شگ­ماهی خزری در سواحل جنوبی دریای خزر چگونه است؟ آیا مناطق مورد بررسی از نظر ژنتیکی از یکدیگر متمایز هستند یا هم­پوشانی از خود نشان می­دهند؟ آیا شباهت­ها یا فاصله­های ژنتیکی متأثر از فواصل جغرافیایی بین مناطق نمونه­برداری می­باشند؟

فرضیه ­ها

1- نشانگرهای مورد استفاده در تحقیق حاضر کارایی لازم را برای جداسازی و تشخیص جمعیت­های احتمالی از شگ­ماهی براشنیکووی در دریای خزر دارند.

2- شگ­ماهی براشنیکووی (A. braschnikowi) در دریای خزر از تنوع آللی و ژنتیکی مناسبی برخوردار است ولی بین مناطق مورد بررسی تمایز اندکی وجود دارد.

فهرست مطالب  تحقیق تنوع ژنتیکی شگ ماهی خزری

1- مقدمه 2
1-1- کلیات 2
2-1- رده‌بندی 2
3-1- خصوصیات کلیدی 3
4-1- پراکنش و تخمریزی 3
5-1- زیستگاه 3
6-1- سن و رشد 3
7-1- غذا 4
8-1- ذخیره 4
9-1- مطالعه فرا جمعیتها 5
10-1- تنوع ژنتیکی و کمی کردن آن 6
11-1- عوامل مؤثر بر تنوع ژنتیکی 6
1-11-1- رانش ژنتیکی 7
2-11-1- گردنه بطری 7
3-11-1- انتخاب طبیعی 8
4-11-1- روش تولید مثل 8
12-1- انواع نشانگرهای ژنتیکی 8
1-12-1- نشانگرهای مورفولوژیکی 9
2-12-1- نشانگرهای پروتئینی 9
3-12-1- نشانگرهای مولکولی DNA و RNA 10
13-1- سنجش فراوانی آللی 13
14-1- تغییر فراوانی آللی 14
15-1- موازنه هاردي- واينبرگ و دلایل انحراف از آن 14

16-1- آماره F 16
17-1- فاصله ژنتیکی (Nei, 1978) 17
18-1- ضرورت تحقیق 18
19-1- اهداف تنوع ژنتیکی شگ ماهی خزری  19
20-1- فرضیه ها 20
1-2- مروری بر مطالعات انجام شده در داخل کشور 22
2-2- مروری بر مطالعات انجام شده در خارج از کشور 24
3- مواد و روشها 30
1-3- نمونه‌برداري 30
2-3- استخراج DNA 31
3-3- نحوه استخراج DNA 33
4-3- مراحل استخراج DNA 33
5-3- ارزیابی کیفیت و کمیت DNA استخراج شده 34
6-3- ارزیابی کیفیت DNA با استفاده از الکتروفورز افقی ژل آگارز یک درصد 36
7-3- واکنش زنجیرهای پلیمراز 37
1-7-3- انجام واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) 37
8-3- بهینه‌سازی PCR 38
9-3- الکتروفورز محصول PCR، با استفاده از ژل پلی آکریل آمید 6% 38
10-3- روش تهيه ژل آكريل آميد 39
11-3- رنگ آمیزی ژل پلی آکریل آمید با روش نیترات نقره 40
12-3- ثبت تصاویر 40
13-3- آنالیز آماری 41

4- نتایج 44
1-4- نتایج حاصل از بررسی کیفیت و کمیت DNA استخراجی از شگماهی براشنیکوی در مطالعه حاضر 44
2-4- نتایج حاصل از واکنش زنجیرهای پلیمراز 45
3-4- فراوانی و تعداد آللها 47
4-4- تعداد آللهای واقعی (Na) و مؤثر (Ne) 50
5-4- تنوع ژنتیکی 51
6-4- شاخص شانون 52
7-4- تعادل هاردی- واینبرگ 53
8-4- نتایج آزمون واریانس مولکولی (AMOVA) 54
9-4- شباهت و فاصله ژنتیکی بر اساس شاخص نئی (Nei Index) 56
5- بحث 60
1-5- مطالعات تعداد نمونه، روش استخراج DNA و انتخاب نشانگرها 60
2-5- مطالعات تنوع ژنتیکی 61
3-5- مطالعات مربوط به تعادل هاردی- واینبرگ 65
4-5- مطالعات مربوط به تمایز جمعیتی 67
5-5- مطالعات مربوط به شباهت و فاصله ژنتیکی 68
6-5- نتیجه‌گیری کلی 69
7-5- پیشنهادات اجرایی 69
8-5- پیشنهادات پژوهشی 70
فهرست منابع  تنوع ژنتیکی شگ ماهی خزری  72

فهرست جدول‌ها

جدول 1-4- جایگاه‌های ژنی مورد استفاده در این مطالعه و خصوصیات آنها 45
جدول 2-4- نتایج حاصل از ظرفیت اطلاعات چند شکلی (PIC) نشانگرهای مورد استفاده در مطالعه حاضر 45
جدول 3-4- تعداد و وزن آللهای بهدست آمده بر حسب bp در سطح شش جایگاه ژنی مورد استفاده در این مطالعه 48
جدول 4-4- فراوانی آللی مشاهده شده در سطح جایگاههای ژنی مورد مطالعه در این تحقیق 49
جدول 5-4- تعداد آللهای واقعی (Na) و مؤثر (Ne) در سطح جایگاههای ژنی مورد بررسی در پنج منطقه پراکنش شگماهی براشنیکووی (A. braschnikowi) 50
جدول 6-4- مقادیر هتروزیگوسیتی مشاهده شده (Ho) و مورد انتظار (He) جمعیتهای مورد مطالعه در ماهی A. braschnikowi در سطح جایگاههای ژنی مورد بررسی 51
جدول 7-4- میانگین مقادیر هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار ±خطای استاندار در مناطق مورد مطالعه از ماهی A. braschnikowi 52
جدول 8-4- مقادیر محاسبه شده شاخص شانون برای مناطق مورد بررسی در ماهی A. braschnikowi در سطح جایگاهها 52
جدول 9-4-مقادیر محاسبه شده در بررسی تعادل هاردی- واینبرگ در مناطق مورد بررسی در شش جایگاه ژنی 53
جدول 10-4- آنالیز واریانس مولکولی (AMOVA) تحت معیار Fst 54
جدول 11-4- آنالیز واریانس مولکولی (AMOVA) تحت معیار Rst 54
جدول 12-4- مقادیر Fst محاسبه شده بین مناطق بر اساس آنالیز واریانس مولکولی 55
جدول 13-4- مقادیر Rst محاسبه شده بین مناطق بر اساس آنالیز واریانس مولکولی 55
جدول 14-4- مقادیر بهدستآمده از ضرایب تمایز (Fst) و درونآمیزی (Fis) در سطح جایگاه‌های ژنی مختلف در مطالعه حاضر 55

فهرست جدول‌ها

جدول 15-4- مقادیـر جریـان ژنـی (Nm) مشـاهده شـده بین مناطـق مورد بررسی در ماهی A. braschnikowi 56
جدول 16-4- ماتریکس فاصله و شباهت ژنتیکی بر اساس شاخص نئی (نئی، 1972) 56
جدول 17-4- خلاصهای از نتایج تخصیص جمعیتها به خود و دیگر مناطق 57

فهرست شكل‌ها

شکل 1-3- نقشه مناطق نمونه برداری ماهی A. braschnikowi در سواحل جنوبی دریای خزر در مطالعه حاضر 30
شکل 2-3- تصویر بیوفتومتر مورد استفاده در مطالعه حاضر 35
شکل 3-3- تصویر دستگاه الكتروفورز افقي 37
شکل 4-3- تصویری از دستگاه الكتروفورز عمودي مورد استفاده در مطالعه حاضر 39
شکل 5-3- تصویری از دستگاه مستند ساز ژل 41
شکل 1-4- تصویری از ژل آگارز یک درصد و باندهای تشکیل شده از DNA بر روی آن 44
شکل 2-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014998 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46
شکل 3-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF015000 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46
شکل 4-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014992 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46
شکل 5-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014993 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46
شکل 6-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014999 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 47
شکل 7-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF015004 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 47
شکل 8-4- نمودار گرافیکی جدایی مناطق مورد بررسی در مطالعه حاضر 57
شکل 9-4- دندروگرام UPGMA نمونههای جمعآوری شده شگماهی براشنیکووی از مناطق مختلف بر اساس معیار شباهت ژنتیکی (نئی، 1978) 58

راهنمای خرید و دانلود فایل

برای پرداخت، از کلیه کارتهای عضو شتاب میتوانید استفاده نمائید.

بعد از پرداخت آنلاین لینک دانلود فعال و نمایش داده میشود ، همچنین یک نسخه از فایل همان لحظه به ایمیل شما ارسال میگردد.

در صورت بروز  هر مشکلی،میتوانید از طریق تماس با ما  پیغام بگذارید و یا در تلگرام با ما در تماس باشید، تا شکایت شما مورد بررسی قرار گیرد.

برای دانلود فابل روی دکمه خرید و دانلود  کلیک نمایید.